中国（广西）自由贸易试验区工作办公室，设在自治区商务厅。其主要职责是：贯彻执行国家有关自贸试验区建设的方针政策和法律法规，组织起草有关地方性法规、政府规章草案。研究拟订中国（广西）自由贸易试验区（以下简称自贸试验区）发展规划、政策措施并推动落实。组织研究自贸试验区发展有关重大问题，提出深化自贸试验区改革创新的政策建议。组织实施自贸试验区各项改革创新制度，统筹自贸试验区投资、贸易、金融服务、规划、统计等行政工作，统计发布自贸试验区相关公共信息，综合评估自贸试验区运行情况，组织开展自贸试验区对外宣传交流工作。指导自贸试验区片区制定、落实管理制度。协调自贸试验区内金融、海关、海事、边检等部门的相关工作。协调有关部门落实自贸试验区国家安全审查、反垄断审查等工作。负责与自贸试验区各片区管理机构联络工作，推动各片区建立健全事中事后监管体系。

设自治区商务厅自贸区综合信息处、自贸区制度创新处、自贸区协调指导处，负责中国（广西）自由贸易试验区工作办公室日常工作。各处主要职责是：

自贸区综合信息处：牵头研究自贸试验区建设有关重大问题。负责研究拟订自贸试验区发展规划和工作计划。负责开展自贸试验区评估统计，发布有关公共信息，综合评估自贸试验区运行情况。负责自贸试验区对外宣传和交流工作。

自贸区制度创新处：根据国家关于自贸试验区管理的法规规章，组织起草有关地方性法规、政府规章草案，建立健全有关规章制度。统筹自贸试验区综合改革、投资、贸易、金融、人才等政策的拟订并指导实施。组织开展自贸试验区课题研究。跟踪、评估有关自贸试验区法规、政策实施情况。指导自贸试验区各片区建立完善相关配套制度。

自贸区协调指导处：负责与自治区相关部门的协调，配合有关部门落实自贸试验区国家安全审查、反垄断审查。负责与自贸试验区各片区管理机构联络，督促检查各片区贯彻落实试点任务、发展规划和工作计划等。负责推动各片区建立健全事中事后监管体系。